Groevenbeek Ermelo is organisatorisch verdeeld in drie afdelingen: tvwo/atheneum/havo Ermelo, vmbo Ermelo en vmbo Putten. Elke afdeling heeft zijn thuis in een apart deel van het gebouw, met een eigen fietsenstalling, schoolplein, leerlingeningang en aula. De afdelingen hebben ook eigen docententeams, onderwijsassistenten en conciërges.
Om de kleinschaligheid zoveel mogelijk te waarborgen zijn alle afdelingen weer verdeeld in teams. Ieder team heeft een eigen teamleider. Het team van NEXT heeft twee eigen teamleiders, maar is gehuisvest in het gebouw van vmbo Ermelo.
De organisatie bestaat verder uit de Raad van Toezicht, Ouderraad en Medezeggenschapsraad (MR).
